Согласно Письму Минфина России от 14.01.2019 N 03-12-11/1/746, доказанная в рамках выездной или камеральной налоговой проверки необоснованная налоговая выгода в виде уменьшения налоговой обязанности предполагает ее суммовую оценку.

По мнению ведомства, Налоговый кодекс:

• не предусматривает, что оценить размер необоснованной налоговой выгоды в целях доначисления налогов и сборов по результатам проверок налоговые органы могут лишь на основании закрытого перечня способов оценки
• не запрещает использовать методы, установленные главой 14.3 НК РФ в целях определения размера необоснованной налоговой выгоды.

Если обязанность организации по уплате налога основана на изменении налоговым органом юридической квалификации сделки, взыскание налога производится в судебном порядке, разъясняет Минфин

Также следует обратить внимание на разъяснения Президиума ВАС РФ в постановлении от 16.07.2013 N 3372/13:

судебный порядок взыскания налогов, доначисленных в результате переквалификации сделки, призван обеспечить судебный контроль прежде всего за законностью доначисления таких налогов. Между тем такой контроль может быть обеспечен как путем оспаривания решения о привлечении к ответственности или решения об отказе в привлечении к ответственности, так и путем обращения в арбитражный суд с заявлением о взыскании налога, доначисленного таким решением.